Nguyễn Văn Thiệu đã rất phẫn nộ với Hoa Kỳ khi nhận tin phái đoàn Cộng hòa miền Nam Việt Nam do Ngoại trưởng Nguyễn Thị Bình dẫn đầu sẽ tới Paris dự hòa đàm. Phó Tổng thống Nguyễn Cao Kỳ đã gây sức ép với Hoa Kỳ khi tuyên bố Việt Nam Cộng hòa sẽ tiến hành đàm phán riêng với Việt Nam Dân chủ Cộng hòa mà không cần Hoa Kỳ tham gia.[40] Ngày 02-11-1968, Nguyễn Văn Thiệu vẫn tuyên bố chỉ đàm phán với Việt Nam Dân chủ Cộng hòa chứ không nói chuyện với Cộng hòa miền Nam Việt Nam, cương quyết không thành lập chính phủ liên hiệp tại miền Nam, cũng như tuyên bố cuộc đàm phán với Việt Nam Dân chủ Cộng hòa sẽ được tiến hành độc lập với cuộc đàm phán giữa Hoa Kỳ và Việt Nam Dân chủ Cộng hòa.[41]. Ngày 04-11-1968, phía Hoa Kỳ tiếp tục đưa ra lập trường cứng rắn, buộc chính quyền Sài Gòn phải chấp nhận Cộng hòa miền Nam Việt Nam sẽ tham gia đàm phán. Cùng ngày 04-11-1968, phái đoàn Cộng hòa miền Nam Việt Nam do Ngoại trưởng Nguyễn Thị Bình dẫn đầu rời Moskva (Liên Xô) để sang Paris dự hòa đàm. Ngày 05-11-1968, Hoa Kỳ tuyên bố hoãn họp do phía Việt Nam Cộng hòa thiếu thiện chí trong việc tham gia hòa đàm.

Sau khi Richard Nixon đắc cử Tổng thống ngày 06-11-1968, Nguyễn Văn Thiệu đưa ra công thức đàm phán mới trong đó đàm phán sẽ có hai bên gồm liên minh Việt Nam Cộng hòa-Hoa Kỳ và liên minh Việt Nam Dân chủ Cộng hòa-Cộng hòa miền Nam Việt Nam; trong đó Việt Nam Cộng hòa và Việt Nam Dân chủ Cộng hòa sẽ đứng đầu mỗi bên, Hoa Kỳ và Cộng hòa miền Nam Việt Nam chỉ tham gia với tư cách một phần của mỗi phái đoàn.[42] Sau phiên họp thu hẹp, không công khai giứa Nguyễn Văn Thiệu và một số thành viên chủ chốt trong Thượng viện Việt Nam Cộng hòa ngày 30-11-1968[43] để gây sức ép buộc toàn bộ lưỡng viện Quốc hội Việt Nam Cộng hòa chấp nhận để chính quyền Sài Gòn tham gia đàm phán thì tới ngày 04-12-1968, Quốc hội Việt Nam Cộng hòa thông qua quyết định chính quyền Sài Gòn sẽ tham gia đàm phán.[44]. Ngày 07-12-1968, Nguyễn Văn Thiệu cử Ngoại trưởng Việt Nam Cộng hòa là Phạm Đăng Lâm làm trưởng đoàn, Phó Tổng thống Nguyễn Cao Kỳ làm cố vấn.

Khoảng thời gian từ 07-12-1968 tới 15-01-1968, bốn bên tham gia đàm phán tiến hành thảo luận các yếu tố mang tính kỹ thuật và thủ tục. Lập trường của các bên có sự khác nhau rõ rệt trong giai đoạn này. Phía Việt Nam Dân chủ Cộng hòa và Cộng hòa miền Nam Việt Nam muốn mọi hình thức đều phải thể hiện là đàm phán 04 bên trong khi phía Hoa Kỳ và Việt Nam Cộng hòa muốn thể hiện là đàm phán hai bên. Đặc biệt liên quan tới chiếc bàn của Hội nghị, phía Việt Nam Dân chủ Cộng hòa đề xuất bàn hình thoi, bàn hình vuông hoặc bàn tròn chia 4. Phía Hoa Kỳ đề xuất bàn hình bầu dục cắt dọc đôi và bàn hình tròn cắt đôi.[45] Cuối cùng, các bên lựa chọn phương án của Đại sứ Liên Xô tại Pháp đó là Sẽ là một bàn tròn phẳng lì, có hai bàn chữ nhật kê cách bàn tròn 0,45 mét đặt ở hai điểm đối diện nhau, dành cho thư ký; không có cờ và biển của các đoàn trên bàn đàm phán; quyết phát biểu trước được quyết định bởi rút thăm (tuy nhiên để đẩy nhanh đàm phán phía Việt Nam Dân chủ Cộng hòa và Cộng hòa miền Nam Việt Nam đồng ý để Hoa Kỳ phát biểu trước).[46]. Trong khi rút thăm, phía Việt Nam Dân chủ Cộng hòa và Cộng hòa miền Nam Việt Nam cương quyết phải có sự tham gia của Cộng hòa miền Nam Việt Nam.[47] Ngày 04-01-1969, phía Việt Nam Cộng hòa chấp nhận Việt Nam Dân chủ Cộng hòa và Cộng hòa miền Nam Việt Nam sẽ có 02 phát ngôn viên của mỗi bên.[48] Cùng thời điểm này, phía Hoa Kỳ cử Henry Kissinger làm cố vấn. Trong chính giới Hoa Kỳ, nhiều người đã gây sức ép để Cộng hòa miền Nam Việt Nam có vị thế ngang với Việt Nam Cộng hòa để đàm phán có tiến triển.[49].

Ngày 16-01-1969, chính quyền Sài Gòn tuyên bố hòa đàm sẽ diễn ra vào 10h30' ngày 18-01-1969 với sự tham gia của 04 bên bao gồm Hoa Kỳ, Việt Nam Dân chủ Cộng hòa, Việt Nam Cộng hòa và Cộng hòa miền Nam Việt Nam.[50]. Phiên họp ngày 18-01-1969 thống nhất về ngôn ngữ, bố trí chỗ ngồi, báo chí được phép vào 15 phút đầu, các bên được phép ghi âm buổi thảo luận, không được mang máy quay vào phòng họp, 04 đoàn phát biểu lần lượt.[51]

Sách lược ngoại giao "tuy hai mà một, tuy một mà hai" của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa và Cộng hòa miền Nam Việt Nam

Phái đoàn Việt Nam Dân chủ Cộng hòa và phái đoàn Cộng hòa miền Nam Việt Nam đã vận dụng sách lược "Tuy hai mà một, tuy một mà hai" để tiến hành đàm phán. Ðây là một sách lược ngoại giao lớn, chỉ rõ nét đặc thù và mối quan hệ phân công và phối hợp giữa ngoại giao miền Bắc và ngoại giao miền Nam trong nền ngoại giao thống nhất của Việt Nam nói chung thời kỳ kháng chiến chống Mỹ, cứu nước. Sách lược đó nhằm đề cao vị trí, vai trò và tính độc lập của Cộng hòa miền Nam Việt Nam, tập hợp thêm lực lượng và các xu hướng khác nhau ở trong nước và trên thế giới. Sách lược ngoại giao ấy về thời gian được vận dụng trước, trong và cả sau Hội nghị Paris; về không gian, không chỉ thể hiện tại bàn đàm phán Paris mà cả trên nhiều diễn đàn khác, ở nhiều địa bàn quốc gia và dân tộc, nhiều tổ chức chính trị, xã hội quốc tế có quan hệ với vấn đề Việt Nam. Người đề xướng sách lược ngoại giao đó chính là Chủ tịch Hồ Chí Minh. Nói chuyện tại Hội nghị cán bộ ngoại giao lần thứ năm; ngày 16-3-1966, Chủ tịch Hồ Chí Minh chỉ rõ: "Bây giờ, ngoại giao của ta vừa là một mà lại là hai, vừa là hai mà lại là một. Ta vừa có ngoại giao của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa, vừa có ngoại giao của Mặt trận Dân tộc giải phóng. Hai cái vừa là hai mà lại vừa là một, vừa là một mà lại vừa là hai. Hai khối đó phải kết hợp chặt chẽ với nhau".

Trước mắt thế giới, không ai không nhận thấy rằng lập trường và các kiến nghị về giải pháp do hai đoàn miền bắc và miền nam đưa ra tại Hội nghị từ lúc mở đầu đến khi kết thúc đều có chung một tiếng nói. Song cũng không ai không nhận thấy rằng đó là lập trường và kiến nghị về giải pháp của hai đại diện của nhân dân Việt Nam có vị trí khác nhau. Sách lược này có nguồn gốc thực tế lịch sử là Việt Nam là một nước độc lập, thống nhất sau Cách mạng Tháng Tám nhưng đã bị tạm chia cắt thành hai vùng tập kết quân sự từ Hiệp định Geneva 1954.[52]